Az eloquens agyterületeken elhelyezkedő elváltozások idegsebészeti eltávolítása azért jelent kihívást, mert a környező ép funkcionális területek károsodásának és ezáltal súlyos neurológiai tünetek kialakulásának nagy a kockázata. A műtét során az elváltozás teljes eltávolítása a cél az ép agyállomány megsértése nélkül. Ennek elérésében segítenek a különböző preoperatív és intraoperatív tervezési módszerek, melyek segítségével pontos képet kaphatunk a lézióról és a körülötte elhelyezkedő funkcionális agyterületről.

A műtét előtt készített speciális MRI vizsgálatokkal beazonosítjuk az elváltozás körüli agykérgi (funkcionális MRI segítségével pl. beszéd, mozgstó központokat) központokat és azokat összekötő pályákat (diffúziós alapú traktográfia segítségével). Az eredmények segítségével csökkentehtő a műtéti rizikó, azokat navigációs rendszer segítségével a műtét alatt is fel tudjuk használni. A navigációs rendszer a műtét alatt pontosan megmutatja, hogy az operált agyterület az MRI képeken hol van, mennyire vagyunk közel a funkcionális területekhez.

Amennyiben a műtéti kockázat magas, éber műtét elvégzése javasolt. Éber műtét során is felhasználjuk az MRI-val azonosított funkcionális agyterületeket és navigációs rendszert, de a műtét alatt a beteggel kommunikálva tudjuk tesztelni és milliméteres pontossággal azonosítani a funkcionális területek határait. Így a műtéti kockázat minimálisra csökkenthető. A beteg a műtét első fázisában altatott állapotban van. Az ébrenléti állapot csak akkor szükséges, amikor az elváltozás azon részéhez érkezünk, mely a funkcionális területhez közel van. Ekkor folyamatos tesztelés mellett elkerülhető a maradandó funkcionális károsodás kialakulása.