A funkcionális idegsebészt tárgykörébe tartozik, de egyéb idegsebészeti ágakkal határterületet képez az eloquens területi elváltozások sebészi kezelése. Eloquens agyterületeknek nevezzük azokat a régiókat, melyeknek sérülése klinikailag kimutatható idegrendszeri tünetet okoz. Ezekben a betegségekben közvetlenül nem a funkció helyreállítása, hanem a megóvása a cél. Az elváltozás (pl. tumor, arterio-venosus fistula, cavernoma) eltávolítása során sérülhetnek a funkcionális, ép agyterületek, melyek komoly következményekkel járhatnak. Ezért az ilyen műtéteknél speciális technikák használatára van szükség, melyek segítségével az agyi funkciók feltérképezhetők, megbízhatóan azonosíthatók (funkcionális MRI, traktográfia, éber műtét neuronavigáció és elektromos stimuláció kontrollja mellett).